he llegado hasta aqui:

cuenta = 1
Dim rs As DAO.Recordset
Dim ms As DAO.Recordset
maximo = DMax("REFERENCIA", "Frutas") 'numero maximo de referencias
Set rs = CurrentDb.OpenRecordset("frutas")
If rs.RecordCount > 0 Then
Do While Not rs.EOF
If Not IsNull(rs!REFERENCIA) Then
'miro si la referencia ya esta en ref_nueva
ct = DCount([ref_nueva], "frutas", "ref_nueva= " & rs!REFERENCIA)

If ct > 0 Then 'si existe la referencia nueva es igual a la mas alta +1

stsql = ""
stsql = stsql & " UPDATE FRUTAS SET FRUTAS.ref_nueva "
stsql = stsql & "    = " & maximo + cuenta
stsql = stsql & " WHERE (((FRUTAS.id)=" & rs!id & ")); "
cuenta = cuenta + 1

Else ' si no existe la referencia nueva es igual a la antigua
stsql = ""
stsql = stsql & " UPDATE FRUTAS SET FRUTAS.ref_nueva "
stsql = stsql & "    = " & rs!REFERENCIA
stsql = stsql & " WHERE (((FRUTAS.id)=" & rs!id & ")); "


DoCmd.SetWarnings False
DoCmd.RunSQL stsql
DoCmd.SetWarnings True
End If
End If

 rs.MoveNext
 Loop
 rs.Close
End If

Pero los repetidos me los pone como "0"

Sub ActFrutas()
    Dim rst As DAO.Recordset
    Dim lngMax As Long
    Dim lngActual As Long
    
    'Referencia máxima
    lngMax = DMax("ref_ant", "FRUTAS")
    
    'Abrimos la tabla
    Set rst = CurrentDb.OpenRecordset("SELECT ref_ant, ref_nueva FROM FRUTAS ORDER BY ref_ant;")
    
    With rst
        'Mientras haya registros...
        Do While Not .EOF
            If .Fields("ref_ant") <> lngActual Then
                'Cambia la referencia -> actualizamos la referencia que usamos
                lngActual = .Fields("ref_ant")
                
                'Esto en teoría no hace falta, porque se supone que vamos a
                'actualizar el mismo campo. Pero en las pruebas viene bien
                'para ver lo que estamos haciendo
                .Edit
                .Fields("ref_nueva") = .Fields("ref_ant")
                .Update
            Else
                'No cambia la referencia -> la cambiamos
                lngMax = lngMax + 1
                'En teoría se va a actualizar el mismo campo. Pero en las pruebas
                'usamos 2 campos: cuando se vea que todo va bien, actualizamos el
                'bueno
                .Edit
                .Fields("ref_nueva") = lngMax
                .Update
            End If
            
            'Siguiente registro
            .MoveNext
        Loop
        
        'Cerrar la tabla
        .Close
    End With
    
    'Limpiar memoria
    Set rst = Nothing
End Sub

funciona perfectamente, dejando la primera referencia encontrada  renombrando las siguientes

La solucion de Mounir, que intente primero, si que funciona, pero me obligaba a cambiar todas las referencias (aunque es cierto que renombraba tambien las lineas de factura)
Gracias  por la ayuda
Se puede cerrar el hilo